院史陈列馆位于九层楼右前方。

原为清代的两座佛教寺庙---雷音寺（中寺）和皇庆寺（上寺）。1944年莫高窟收归国有，在此成立国立敦煌艺术研究所，成为研究所工作人员工作和生活的场所。近年经过敦煌研究院原状修缮加固，于2004年辟为敦煌研究院院史陈列馆。馆内设国立敦煌艺术研究所、敦煌文物研究所、敦煌研究院、张大千展室以及敦煌研究院创始人常书鸿先生故居，以实物、历史照片、专家手稿、出版物、绘画复制品等展现了敦煌研究院60多年几代人无私奉献、艰辛创业的历程，以及莫高窟保护、研究、弘扬所取得的丰硕成果。